Sainte Chapelle var oprindeligt bygget for at huse levn fra kristus, som blev samlet af monarken i gennem det 13. århundrede. Disse inkluderer et stykke af korset, som Jesus blev korsfæstet på og den Hellige Krone, som næsten forsvandt i begyndelsen af det 19. århundrede.
Fra 1790 blev Sainte Chapelle begrænset til medlemmer af gejstligheden og tømt for sit indhold. Med tiden blev kapellet gjort til arkiv for nabobygningen Palais de Justice, indtil en restorationskampagne startede med pres fra offentligheden.
I dag er det ikke længere muligt at beundre alle de oprindelige de levn, som kapellet oprindeligt blev bygget til, da man mistede dem under den franske revolution. At besøge kapellet er dog en oplevelse i sig selv!